De acuerdo a lo dispuesto en la Ley 20.129, artículo 7, la CNA estará formada por un académico designado por el(la) Presidente(a) de la República que la preside; tres académicos designados por el Consejo de Rectores de las Universidades Chilenas (CRUCH); dos académicos designados por las universidades privadas; uno designado por los IP y uno por los CFT autónomos; dos designados por Conicyt; un representante del mundo productivo y uno de una asociación profesional o disciplinaria que serán seleccionados por la Comisión; dos estudiantes de instituciones acreditadas elegidos por las federaciones respectivas; el jefe de la División de Educación Superior del Ministerio de Educación y el (la) Secretario (a) Ejecutivo (a) que tendrá solo derecho a voz.
Actualmente integran la CNA: